Il potenziamento delle attività di monitoraggio della diga del Pertusillo ha avuto inizio nel Luglio 2010 a seguito del manifestarsi del fenomeno di fioritura algale che ha interessato l'invaso nel Maggio dello stesso anno. Prevede cinque punti di campionamento (P1, presso lo sbarramento; P2, a valle di Montemurro; P3, presso Pineta Lago; P4, presso l'isolotto; P5, presso l'innesto del fiume Agri). I campioni prelevati vengono sottoposti in laboratorio ad analisi chimico-fisiche, microbiologiche, biologiche e tossicologiche.

Figura 6 - Punti di monitoraggio delle acque superficiali (immagine satellitare tratta da Google Earth).

Per migliorare il sistema di monitoraggio, l'ARPAB ha presentato, nell'ambito del programma PO FESR BASILICATA 2007/2013, un progetto sulla "Valutazione dello stato ecologico del Lago del Pertusillo". Detto progetto è stato ammesso a finanziamento da parte della Giunta Regionale di Basilicata con Delibera n. 2013 del 30/11/2010. A Luglio 2011 hanno avuto inizio le attività previste dal suddetto progetto.

Il monitoraggio delle acque lacustri prevede sette stazioni di campionamento, ubicate come segue.

- Stazione 1 - Innesto fiume Agri

- Stazione 2 - Isolotto

- Stazione 3 - Sbarramento, in corrispondenza del punto più profondo del lago

- Stazione 4 - Località Bosco dell'Aspro

- Stazione 5 - Località Falvella 

- Stazione 6 - Località Bocca di Maglie

- Stazione 7 - Località Coste Rainaldi

Tutti i campioni vengono sottoposti ad analisi fisiche, chimiche, biologiche, microbiologiche ed ecotossicologiche.
Inoltre, sono state individuate ulteriori quattro stazioni di campionamento lungo il fiume Agri e due lungo il torrente Maglia, ed è prevista la caratterizzazione geochimica di alcuni campioni di sedimento, sia lacustre che fluviale.

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  _{* Sito ufficiale ARPAB.}